Существует несколько версий происхождения названия:
1. Самая очевидная: Селижарово получило свое название по речке Селижаровке, протекающей по территории района (и, кстати, это единственная река, вытекающая из озера Селигер). А речка Селижаровка, в свою очередь, если верить историкам российских гидронимов, может быть искаженным от «Селигера» (то есть когда-то она могла называться «Селигеровка»). А название озера Селигер относят к финскому языку и переводят как "прозрачное, изрезанное озеро". Селигер действительно имеет очень чистую, прозрачную воду и причудливо изрезанную береговую линию. Иногда название озера связывают с другими финскими словами: "высоко расположенное озеро" или "плотвяное озеро".
2. У местных краеведов есть более оригинальные версии по поводу названия. Например, рассказывают легенду о помещике Жарове, который скупал пустующие земли и заселял туда своих крестьян, то есть «Селижарово» — это те, кто поселился здесь благодаря Жарову. Или еще более интересная трактовка: якобы на эти земли переселялись погорельцы, то есть люди, пострадавшие от «жара».